抗腎小管基底膜抗原之循環抗體主要在近端小管區域反應。它們可在不同形式的腎炎中被發現，包括移植後之排斥反應，並可協助腎小管間質性疾病的鑑別診斷。陽性結果與glomerulonephritis (Crescentic)、Goodpasture (necrotizing glomerulonephritis and hemorrhagic pneumonitis) 古 德 帕 斯 氏 症 候 群有密切關係

協助診斷天皰瘡(Pemphigus)，及類天皰瘡(Pemphigoid)，這是一種自體免疫疾病，在皮膚及黏膜產生水皰狀，原因不明，發生在中、老年人。第一次病害發生在嘴部或頭皮，續發於裂開侵蝕的部位，自體免疫抗體造成表皮細胞的分離。Pemphigoid疾病活化及舒解與抗體相關。使用藥物如penicillamine or captopril也有可能引發Pemphigus。

原發性膽汁性肝硬化診斷，自體免疫疾病，大於20X建議是PBC，雖然大於80X強烈建議最好加上肝功能生化檢查檢。

Anti-Mullerian hormone(抗穆勒氏管荷爾蒙)簡稱AMH，是一種醣蛋白，由卵巢小卵泡分泌，小卵泡數目越多，血清濃度越高，是預測卵巢功能的工具，對於卵巢庫存具有指標性的意義。檢驗數值與取卵數、懷孕率、卵巢過度刺激症候群發生率、多囊性卵巢症候群成正相關。

ANCA測定全身性的血管炎，作為診斷及治療效果的評估。

使用乙醇固定的中性球，表現在細胞質(cytoplasmic)的螢光稱為c-ANCA，測定serine protease 3協助診斷Wegener’s granulomatosis(肉芽腫)；

系統性紅斑性狼瘡是一種慢性炎症性疾患，發病以育齡期婦女佔比例最高，它可侵犯到許多的器官和系統，因此在臨床方面可以表現出許多種症狀。

慢性活動性(lupoid)肝炎，自體免疫肝臟疾病，肝細胞腫瘤、肝硬化。

鏈球菌感染溶血素抗體，上升於風溼熱，腎小球腎炎，活動性關節炎，scarlet fever。

Group A β-hemolytic streptococci感染後上升於第7天，高值3-5星期，6-12個月以內可以慢慢回復到正常值內。

慢性甲狀腺炎，自體免疫抗體疾病治療指標，Anti-TPO、Anti-Tg這兩項抗原是在甲狀腺組織細胞發炎破壞釋出到循環中被辨視產生自體免疫抗體，而這兩種抗體長期作用會造成甲狀腺功能低下。

甲狀腺過氧化酶(TPO)存在於甲狀腺的濾泡細胞的頂端膜上，是一種內含原血紅素的醣苷基蛋白。甲狀腺過氧化酶是甲狀腺微小體抗原的主要成份，最主要的作用是催化甲狀腺球蛋白(Thyroglobulin)的酪胺基的碘化作用，合成T4、T3；出現抗甲狀腺過氧化酶自體抗體是甲狀腺自體免疫疾病的特徵之一。